Иоанн Антонович Соболев родился 12 апреля 1829 г. в семье священника Костромской Епархии села Мироханова Чухломского уезда.

Учился в Санкт-Петербургской Духовной Академии. По окончании курса 20 февраля 1854 г. был рукоположен в священники церкви Воскресения Господня при Адмиралтейских слободах. Возведен в степень кандидата богословия 18 апреля 1855 г. Был членом Ревизионной комиссии Санкт-Петербургской Епархии с 1858 г., по назначению Духовной Консистории произносил катехизисные беседы в церкви. По указу Духовной Консистории с 1854 по 1880 гг. назидал арестантов 3-й Адмиралтейской части за «погрешения веры и Священного Писания».

Состоял законоучителем в приюте королевы Вюртембергской Ольги Николаевны, дочери Николая I с 30 сентября 1860 г. по 1885 г., за что определением Св. Синода награжден в сан протоиерея 4 декабря 1872 г.

В течение 35 лет отец Иоанн нес обязанность депутата по делам лиц духовного звания; 23 года с 1862-1885 гг. состоял законоучителем в приюте Ея Императорского высочества Великой Княгини Александры Иосифовны.

22 года с 1879-1901 гг. занимал должность благочинного I Столичного округа; 8 лет, с 1896 года состоит старшим попечителем Санкт-Петербургского Епархиального Попечительства.

 36 лет с 1868-1904 гг. состоял членом Комитета Александро-Невского дома призрения и Исидоровского Епархиального женского училища.

В течение 43 лет своего служения в Вознесенском приходе отец Иоанн заслужил любовь и высокое уважение прихожан и духовенства, неоднократно был отмечен многими наградами, присвоенными белому духовенству.

Иоанн Антонович Соболев был настоятелем Исаакиевского собора с 1897 по 1909 год. В этот период по его инициативе в 1897 году усовершенствовали и расширили бесплатную столовую. Трапезная стала местом, где проводились «духовно-нравственные чтения». В воскресенья и в праздничные дни встречи заканчивались выступлением братского хора. По распоряжению отца Иоанна в 1898 году основана братская библиотека с читальным залом. В основу библиотеки легли 122 книги пожертвованные И.Т Камчатовым.

В 1899 году при Исаакиевском соборе была учреждена церковноприходская школа «для бедных девочек Исаакиевского прихода». На родине протоиерея Иоанна Соболева была учреждена стипендия имени И.А. Соболева.

30 мая 1908 года в условиях «полного спокойствия и порядка», как отмечалось в докладе министра внутренних дел. Исаакиевский собор отметил свой пятидесятилетний юбилей. 29 мая 1908 года состоялась панихида по Государям императорам, покровительствовавшим постройке собора и предшествовавших русских царей. Для поддержания порядка на время богослужения и крестного хода был назначен наряд конной полиции в количестве четырехсот человек.

В честь юбилея и за многолетние труды протоиерея Иоанна Соболева император Николай II издал Указ о его награждении. В личном обращении к настоятелю Исаакиевского кафедрального собора протоиерею Иоанну Соболеву говорилось:

«Во внимание к свыше полувековому отлично-усердному и полезному служению вашему Церкви Божией, по засвидетельствованию о сем митрополита Санкт-Петербургского, Всемилостивейше сопричислили Мы вас к Императорскому ордену нашему Святого БЛАГОВЕРНОГО ВЕЛИКОГО КНЯЗЯ АЛЕКСАНДРА НЕВСКОГО, знаки коего при сем препровождаемые, Повелеваем вам возложить на себя и носить по установлению.

Пребываем к вам Императорскою милостью Нашею благосклонны.

На подлинных собственною Его Императорского величества рукою написано:

В Царском селе

6 мая 1909 г.

Протоиерей Иоанн Соболев был награжден орденом св. Анны III степени (1870) и орденом св. Анны II степени (1877).

Скончался в Санкт–Петербурге 22 октября 1909 г. Погребение с великою торжественностью происходило 25 октября. Совершил ее высокопреосвященный митрополит Антоний II (Вадковский), архиепископы – Варшавский Николай и Волынский Антоний и епископы – Кирилл Гдовский и Никандр Нарвский. У ворот Свято Троицкой Александро-Невской Лавры похоронная процессия была встречена старшей монастырской братией, в числе которой находился и племянник Иоанна Соболева отец Макарий. Протоиерея Иоанна Соболева похоронили на Никольском кладбище Александро-Невской Лавры.

 В 1912 году вышла книга «Памяти протоиерея Иоанна Антоновича Соболева † 22/10.1909», автора Воскресенский А.Ф. Книга была издана в 1912 году. Содержит 34, II, 140 с.